Полная версия

Главная arrow Медицина arrow Геноидентификация вируса бычьего лейкоза

  • Увеличить шрифт
  • Уменьшить шрифт


<<   СОДЕРЖАНИЕ   >>

Генотипирование изолятов вируса бычьего лейкоза, выявленных среди поголовья крупного рогатого скота

в Республике Татарстан

Задачей данного раздела исследования являлось установление генотипической принадлежности изолятов ВБЛ, циркулирующих в животноводческих хозяйствах Республики Татарстан, в соответствии с филогенетической классификацией возбудителя на основе анализа секвениро-ванных последовательностей локуса елг-гена провируса ВЬУ.

В результате сравнительного филогенетического анализа выравненных нуклеотидных последовательностей локуса елг-гена изолятов провируса ВЬУ, выявленных у крупного рогатого скота в животноводческих хозяйствах 16 районов Республики Татарстан, установлена их генотипическая принадлежность.

Так, из 100 идентифицированных изолятов 64 относились к 4-му генотипу ВЬУ, 28 представителей ВБЛ принадлежали кластеру 7-го генотипа, а остальные 8 происследованных образцов провируса характеризовались признаком нового, недавно обоснованного нами 8-го генотипа возбудителя (табл. 12).

Следует отметить, что из 100 секвенированных образцов в СепВапк ЫСВ1 были депонированы только 43 уникальные последовательности локуса елг-гена ВЬУ, результат генотипической идентификации которых на основе филогенетической классификации был отражен на построенной филограмме (рис. 1).

Таблица 12

Распределение 100 генотипированных образцов провирусной ДНК ВЬУ по 16 исследованным районам Республики Татарстан

Район

Республики

Татарстан

Исследовано секвен ированием

ГЕНОТИП ВЬ V

1-й

2-й

5-й

4-й

5-й

6-й

7-й

8-й

1

Азнакаевский

10

9

1

2

Алькеевский

13

5

8

3

Буинский

7

2

3

2

4

Высокогорский

4

4

5

Дрожжановский

1

1

6

Заинский

8

7

1

7

Лаишевский

13

12

1

8

Лениногорский

9

9

9

Муслюмовский

1

1

10

Нижнекамский

14

8

5

1

11

Псстрсчинский

1

1

12

Сармановский

2

2

13

Спасский

1

1

14

Тукасвский

9

4

3

2

15

Тюлячинский

6

6

16

Чистопольский

1

1

ВСЕГО ОБРАЗЦОВ

100

64

28

8

Филограмма типовых представителей известных генотипов ВЬУ (елг-ген)

Рис. 1. Филограмма типовых представителей известных генотипов ВЬУ (елг-ген)

[МЕСА-4: алгоритм N1, 400 пк 89 seq.]

Обозначения: черный круг - депонированные в СепВапк ЫСВ1 в 2013 г. нуклеотидные последовательности локуса єну-гена изолятов провируса ВЬУ, выявленные у крупного рогатого скота в животноводческих хозяйствах Республики Татарстан РФ; черный квадрат - ранее депонированные последовательности.

Дополнительно, по результатам оценки гетерогенности типовых представителей ВЬУ по елг-гену был проведен анализ внутри- и межгенотипической гетерогенности известных генотипов ВБЛ, информационные данные которого представлены в обобщенной табл. 13.

Таблица 13

Внутри- и межгенотипическая гетерогенность представителей ВЬУ по епх-

гену (%-ное отношение)

ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКАЯ КЛАССИФИКАЦИЯ ВБЛ

ГЕНОТИП

1-й

2-й

3-й

4-й

5-й

6-й

7-й

8-й

1-й

0-5

3-6

3-7

3-1

3-7

3-6

3-8

2-6

2-й

3-6

0-1

3-4

2-4

4-5

3

3-5

2-4

3-й

3-7

3-4

0-2

3-5

4-5

3-4

3-6

3-4

4-й

3-7

2-4

3-5

0-3

3-5

2-4

2-5

2-4

5-й

3-7

4-5

4-5

3-5

0-2

4-5

3-5

4-5

6-й

3-6

3

3-4

2-4

4-5

0-2

3-5

2-4

7-й

3-8

3-5

3-6

2-5

3-5

3-5

0-4

2-5

8-й

2-6

2-4

3-4

2-4

4-5

2-4

2-5

0-2

Результат анализа внутри- и межгенотипической гетерогенности типовых изолятов ВЬУ указывает на невозможность использования «гетерогенного» критерия оценки генетического разнообразия представителей ВБЛ в определении их таксономической принадлежности ввиду отсутствия четкого алгоритма идентификации, по той причине, что процентный диапазон значений внутригенотипической гетерогенности не разграничивает интервал значений межгенотипической гетерогенности.

Развернутые данные, отражающие информацию о гетерогенности типовых представителей ВЬУ по еяг-гену представлены в табл. 14.1-14.4.

п.п.

Изолят

BLV

Gen В an к

A/N

Генотип 5

Г-п 6

Генотип 7

Генотип 8

24

25

26

27

28

29

30

31

32

33

34

35

36

37

38

39

40

4/

42

43

44

45

46

47

01

AL-63

FJ808571

4

4

4

3

3

4

3

4

4

5

4

3

3

3

4

4

4

3

4

2

3

3

2

3

02

Cow 527

AF007764

4

4

4

3

3

4

3

3

4

5

4

3

4

4

4

4

4

3

4

3

3

3

3

3

03

23

U87873

4

4

5

4

3

4

4

4

4

5

4

4

4

4

5

4

4

4

4

3

4

4

3

3

04

AL-2106

FJ808578

4

4

5

4

3

4

4

4

4

5

4

4

4

4

5

4

4

4

4

3

4

4

3

3

05

Ui-иСОбІІ

FM955558

5

5

5

4

4

4

4

5

5

4

5

4

4

4

5

5

4

4

4

3

4

4

3

4

06

VdM

M35239

3

4

4

4

3

4

3

4

4

5

4

3

4

4

4

4

4

3

4

3

3

3

3

3

07

Kurdistan

EU266062

1

7

7

6

6

7

6

1

7

8

1

6

7

7

1

1

1

6

1

6

6

6

6

6

08

AL-164

FJ808574

4

4

4

3

3

3

3

3

3

4

3

3

3

3

4

3

3

3

3

2

3

3

2

3

09

PL-4960

FJ808590

4

4

5

3

3

4

3

4

4

4

3

3

3

3

4

4

4

3

4

3

4

4

3

3

10

ARGSF8

AF485773

4

4

5

3

3

4

3

4

4

5

3

3

3

3

4

4

4

3

4

3

4

4

3

3

11

AL-1453

FJ808577

4

4

4

3

3

4

3

3

3

5

3

3

3

3

4

4

4

3

3

3

3

3

3

3

12

USCA-1

EF065647

5

4

5

4

3

4

4

4

4

5

4

4

4

4

5

4

4

4

4

3

4

4

3

3

13

USCA-2

EF065648

4

4

5

4

3

4

3

4

4

5

4

3

4

4

4

4

4

3

4

3

3

3

3

3

14

JPFU

EF065650

5

4

5

4

4

5

4

4

4

6

4

4

4

4

5

5

5

4

4

3

4

4

3

3

15

BG

EF065638

3

3

4

3

4

3

3

3

3

4

3

3

3

3

4

3

3

3

2

2

3

3

2

3

16

3

U87872

4

5

5

4

4

4

4

4

4

6

4

4

4

4

5

5

5

4

3

4

4

4

4

4

17

1S-C16

JQ353652

3

4

4

3

2

4

3

3

3

5

3

3

3

3

4

4

4

3

2

3

3

3

3

3

18

N023

KC867149

4

4

4

3

3

4

3

4

4

5

3

3

3

4

4

4

4

3

3

3

4

4

3

3

19

1 BY

HQ902258

4

4

4

3

3

4

3

4

4

5

3

3

3

3

4

4

4

3

3

3

4

3

3

3

20

N034

KC886611

4

4

4

4

3

4

3

4

4

5

3

3

3

4

4

4

4

3

3

3

4

4

3

3

21

1S-c9

JQ353640

3

4

3

4

4

3

3

3

3

5

3

3

3

3

4

4

4

3

2

3

3

3

3

3

22

NK11

JQ686117

3

3

4

3

2

4

3

3

3

5

3

3

3

3

4

4

4

3

4

3

3

3

3

3

23

lS-clO

JQ353650

4

4

4

3

2

4

3

4

3

5

3

3

3

3

4

4

4

3

2

3

4

4

3

3

Изолят

ЄепВапк

Генотип 1

Генотип 2

Генотип 3

Генотип 4

/!./!.

ВЬУ

Ш

01

02

03

04

05

06

07

08

09

10

11

12

13

14

15

16

17

18

19

20

21

22

23

24

СЯА8-1

ЕЕ065635

4

4

4

4

5

3

1

4

4

4

4

5

4

5

3

4

3

4

4

4

3

3

4

25

ОЮС

ЕЕ065639

4

4

4

4

5

4

1

4

4

4

4

4

4

4

3

5

4

4

4

4

4

3

4

26

СЯЬС-1

ЕЕ065655

4

4

5

5

5

4

1

4

5

5

4

5

5

5

4

5

4

4

4

4

3

4

4

27

РЬ-1238

Е1808582

3

3

4

4

4

4

6

3

3

3

3

4

4

4

3

4

3

3

3

4

4

3

3

28

151

АУ185360

3

3

3

3

4

3

6

3

3

3

3

3

3

4

4

4

2

3

3

3

4

2

2

29

N28

НМ102356

4

4

4

4

4

4

7

3

4

4

4

4

4

5

3

4

4

4

4

4

3

4

4

30

176

АУ515276

3

3

4

4

4

3

6

3

3

3

3

4

3

4

3

4

3

3

3

3

3

3

3

31

12

883530

4

3

4

4

5

4

7

3

4

4

3

4

4

4

3

4

3

4

4

4

3

3

4

32

14

АУ515274

4

4

4

4

5

4

7

3

4

4

3

4

4

4

3

4

3

4

4

4

3

3

3

33

30

00059417

5

5

5

5

4

5

8

4

4

5

5

5

5

6

4

6

5

5

5

5

5

5

5

34

38

№720351

4

4

4

4

5

4

7

3

3

3

3

4

4

4

3

4

3

3

3

3

3

3

3

35

4Т-СІ9

10353655

3

3

4

4

4

3

6

3

3

3

3

4

3

4

3

4

3

3

3

3

3

3

3

36

18-с4

10353651

3

4

4

4

4

4

7

3

3

3

3

4

4

4

3

4

3

3

3

3

3

3

3

37

N107

30686120

3

4

4

4

4

4

7

3

3

3

3

4

4

4

3

4

3

4

3

4

3

3

3

38

48

№720352

4

4

5

5

5

4

7

4

4

4

4

5

4

5

4

5

4

4

4

4

4

4

4

39

18-сб

10353633

4

4

4

4

5

4

7

3

4

4

4

4

4

5

3

5

4

4

4

4

4

4

4

40

4Т-СІ1

10353656

4

4

4

4

4

4

7

3

4

4

4

4

4

5

3

5

4

4

4

4

4

4

4

41

N067

КС886618

3

3

4

4

4

3

6

3

3

3

3

4

3

4

3

4

3

3

3

3

3

3

3

42

Ів-сі

10353649

4

4

4

4

4

4

7

3

4

4

3

4

4

4

2

3

2

3

3

3

2

2

2

43

МІ/ЕЬС Сго/08

011724606

2

3

3

3

3

3

6

2

3

3

3

3

3

3

2

4

3

3

3

3

3

3

3

44

N174

№713455

3

3

4

4

4

3

6

3

4

4

3

4

3

4

3

4

3

4

4

4

3

3

4

45

ЕЕв Сго/У11А/09

Ж990072

3

3

4

4

4

3

6

3

4

4

3

4

3

4

3

4

3

4

3

4

3

3

4

46

4-6

НМ563764

2

3

3

3

3

3

6

2

3

3

3

3

3

3

2

4

3

3

3

3

3

3

3

47

МКС2137

10675759

3

3

3

3

4

3

6

3

3

3

3

3

3

3

3

4

3

3

3

3

3

3

3

 
<<   СОДЕРЖАНИЕ   >>